صدرت الإرادة الملكية السامية بوضع النظام الأساسي للمعهد موضع التنفيذ عام 1994، وفي عام 1995انتقل المعهد من موقعه المؤقت الى المقر الحالي، وكان المعهد قد وقع اتفاقية ارتباط علمي arمع الجامعة الأردنية لاعتماد مناهج التدريس والتدريب ونشر الإنتاج العلمي وتبادل أعضاء هيئة التدريس. وفي عام 1999 صدرت الإرادة الملكية السامية باعتبار المعهد أحد المراكز البحثية الأكاديمية التابعة للمجلس الأعلى للعلوم والتكنولوجيا. ولما كان النظام الأساسي للمعهد يجيز له إنشاء مراكز متخصصة تابعة له، فقد تمت الموافقة على إنشاء كل من: المركز الإقليمي للأمن الإنساني، والمركز الإقليمي لمنع النزاعات عام 2000.وحيث أن تجربة وزارة الخارجية في تمثيل الأردن في الخارج قد أفرزت ضرورة وجود كادر دبلوماسي كفوء ومتخصص، قادر على تمثيل الأردن ومصالحه في الخارج على الوجه الكفْء والفعال، مما يتطلب تدريب الكادر الدبلوماسي في مختلف درجاته تدريباً مناسباً أسوة بما هو متبع في الدول الأخرى، فقد أصبحت الحاجة ماسة الى إعادة هيكلة المعهد الدبلوماسي الأردني، بحيث يصبح الأداة التنفيذية الرئيسية لتأهيل وتدريب الدبلوماسيين الأردنيين،والمعنيين من الوزارات والهيئات الحكومية المختلفة بالعمل الدبلوماسي، وتركيز برامجه على التدريب المناسب والأبحاث والدراسات الرافدة واللازمة للتدريب على مختلف نواحيه (السياسية، الاقتصادية،الثقافية والأمنية)، واستوجب ذلك، ربط المعهد الدبلوماسي بوزارة الخارجية من خلال تولي معالي وزير الخارجية رئاسة مجلس الأمناء الذي يشرف على المعهد، وعضوية الأمين العام للوزارة في مجلس المعهد، ليتم تحقيق التنسيق اللازم والمستمر مع الوزارة.